尽管企业的内部交易会消除或降低一部分市场交易成本，但是，与此同时也带来了企业所特有的交易成本。导致企业这一缺陷的主要原因也同样在于信息的不完全性。具体地说，首先，企业内部存在着各种契约关系，其中包括企业与劳动者的契约关系、企业与管理者的契约关系等。企业要对其所雇用的工人、产品推销员，直至经理等各类人员的工作进行监督，同时还要诱导他们为企业努力工作。所以，企业在签订契约，以及在监督和激励方面要花费成本。其次，一方面，企业决策者往往要从下级获取信息，另一方面，企业上层的决策信息又要通过向下级传递而得到实现。这两个不同方向的信息传递，都会因企业规模扩大所带来的隶属层次的增多而被扭曲，从而导致企业效率的损失。再次，企业的下级往往出于利己的动机向上级隐瞒或传递错误的信息，以使上级作出有利于下级的决策。或者，下级对上级的决策仅传递或执行对自己有利的部分。这些都将导致企业效率的损失。由此可见，企业的扩张是有限制的。根据科斯的理论，企业的规模应该扩张到这样一点，即在这一点上再多增加一次内部交易所花费的成本与通过市场进行交易所花费的成本相等等等到。